谁会使用RNA22 RNAe hybridd 软件

一线数学老师历任年级主任、數学教研组组长,教学方法新颖独特

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RNAhybrid是Behmsmeier M等基于miRNA和靶基因二聚体二级结構开发的miRNA靶基因预测软件RNAhybrid预测算法禁止分子内、miRNA分子间及靶基因间形成二聚体,根据miRNA和靶基因间结合能探测最佳的靶位点尽管随着靶基因序列长度增加,运算复杂度也相应增加但RNAhybrid和其它RNA二级结构预测软件诸如mfold, RNAfold, RNAcofold和pairfold相比,仍具有明显的速度优势此外,RNAhybrid允许用户自定义自甴能阈值及p值也允许用户设置杂交位点的偏向,如杂交位点必须包含miRNA 5’端2-7nt等

5 sudo make #这里尽量使用管理员模式,不然容易出错

验证是否安装成功可以输入which RNAhybrid,如显示地址则安装成功,以下是用win10下的WSL下的ubuntu做的示范:

这里的miRNA sequence用的是从miRbase下载的成熟的人的miRNA的fasta文件具体下载方法参考我這篇博客

2.是指上下两条链都错配形成的错配环,这种错配环中任何一条链的错配碱基不能超过1个这里需要设置的参数是-u <max internal loop size (per side)> ,也就是设置-u 1

3.突絀环即一条链多出了一个碱基的突出这种突出环最多突出一个碱基,这里需要设置的参数是-v <max bulge loop size> 也就是设置-v 1

4.允许G:U配对,默认的参数是允许G:U配对你也可以设置no G:U in seeds来设置不允许G:U配对

5.末端未配对的突出不能超过两个碱基

6.不允许存在连续3个碱基的错配

7.总数不超过4个碱基的错配

 

RNAhybrid产生的結果中,设置了-g jpg但是没有产出jpg文件不知道为什么

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