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基于oncomine与qpcr筛选高度鳞状上皮内病变相关基因
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基于oncomine与qpcr筛选高度鳞状上皮内病变相关基因
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Oncomine: 一个肿瘤相关基因研究的数据库
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如果你获得了一个肿瘤差异表达基因，想研究其是否可作为某种肿瘤的潜在标志物和靶点，又怕做实验会得到阴性结果，浪费时间和金钱，这时候你就应该想到Oncomine数据库了()。Oncomine整合了GEO、TCGA和已发表的文献等来源的RNA和DNA-seq数据，只要你用非营利机构邮箱注册了就可以免费使用了。下面就以ERBB2基因为例跟着小诺一步一步搞定Oncomine吧。第一步：ERBB2在肿瘤中的表达在搜索框中输入ERBB2并设定P值、差异表达倍数和差异的排序就可以得到这个基因在各类肿瘤中的差异表达数据。如下图所示，在有差异表达的数据中，ERBB2在膀胱癌、脑和神经瘤、乳腺癌和前列腺癌中高表达的几率较高（红色表示高表达，颜色越深表达量越高，蓝色反之）。第二步：ERBB2在乳腺癌中的表达为进一步分析ERBB2在我感兴趣的乳腺癌中的表达，点击左侧的数据筛选区里选择Breast cancer、Cancer vs. Normal和Clinical Specimen即可知道其在乳腺癌组织中的表达量是否升高。第三步：ERBB2的表达与乳腺癌TNM分期、分化和生存时间等临床病理特点及预后的关系点击样本量较大、数据可信度高的TCGA Breast或Curtis Breast，在GROUPED BY窗口中选择相应的临床资料分组就可得出ERBB2在相应的临床资料分组中的表达量。第四步：ERBB2共表达基因分析在Analysis Type中选择Coexpression Analysis，即可获得与ERBB2表达正相关性较高的基因。第五步：寻找差异表达基因若是还不知道从哪个基因下手，没关系，Oncomine也能帮你解决。在左侧选择Cancer Type和Cancer vs. Normal即可得到差异表达基因。选择多个乳腺癌，点击compare即可获得多个数据中肿瘤高表达基因。另外在搜索框中输入如Kinase、TGFbeta signaling或是cell migration即可获得相应的激酶、信号通路或是Go富集分析相关高表达基因。以上就是Oncomine在肿瘤研究中的基本功能，当然还可以获取其它有用的信息如药物敏感相关基因，我这里就不一一介绍了。大家可以结合自己的研究方向和兴趣进行搜索和筛选。
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这个数据库很强大啊，对于做药物前期研发省了不少时间和成本啊，
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这个数据库强大，最主要的是LZ一步一步教会了一些科研小白怎么用这个数据库，LZ很用心，我表示衷心的感谢！谢谢！
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厉害，Mark下
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数据库太强大了，谢谢，谢谢！
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好帖，马上用
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一起学习，mark
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wangyy1990非营利机构邮箱注册楼主~我填自己的邮箱也不行。。。非营利机构邮箱怎么弄呢？
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这个真是硬贴哈哈。我虽然是临床医生
也感觉很好的工具。
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好帖！很实用
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请问下，右侧的箱型图是怎么调出来的，我的都是柱形的找到啦，呵呵~
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小鱼279 编辑于
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按照楼主方法用了，谢谢楼主。不过想请问的是，这个分析出来的结果是不是不能导出？我看虽然有export，但是依然导不了。不知道楼主是怎么将结果导出来用的呢？~
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给我感觉很多疾病的资料没有
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楼主提供了非常好的资料，非常感谢，但是我有一个问题急需解决，希望楼主能够抽时间帮助回答！ 如果我想找的基因在Cancer vs normal里面并没有上调或者下调，但是在Outlier里面又有红色蓝色的方框，是不是表明该基因在Cancer和normal并无差异表达呢？那此时的Outlier里面的红蓝色又是代表什么?
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whatevergo1 按照楼主方法用了，谢谢楼主。不过想请问的是，这个分析出来的结果是不是不能导出？我看虽然有export，但是依然导不了。不知道楼主是怎么将结果导出来用的呢？~Oncomine使用手册
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michellelu 楼主提供了非常好的资料，非常感谢，但是我有一个问题急需解决，希望楼主能够抽时间帮助回答！ 如果我想找的基因在Cancer vs normal里面并没有上调或者下调，但是在Outlier里面又有红色蓝色的方框，是不是表明该基因在Cancer和normal并无差异表达呢？那此时的Outlier里面的红蓝色又是代表什么?Oncomine使用手册
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谢谢！先mark以后再看
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谢谢楼主！
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qq邮箱和网易邮箱都不行，一般要怎样的邮箱呢？
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楼主发的使用手册怎么无法下载呢
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这个数据库看起来功能挺强大的。
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wangyy1990 如果你获得了一个肿瘤差异表达基因，想研究其是否可作为某种肿瘤的潜在标志物和靶点，又怕做实验会得到阴性结果，浪费时间和金钱，这时候你就应该想到Oncomine数据库了()。Oncomine整合了GEO、TCGA和已发表的文献等来源的RNA和DNA-seq数据，只要你用非营利机构邮箱注册了就可以免费使用了。下面就以ERBB2基因为例跟着小诺一步一步搞定Oncomine吧。第一步：ERBB2在肿瘤中的表达在搜索框中输入ERBB2并设定P值、差异表达倍数和差异的排序就可以得到这个基因在各类肿瘤中的差异表达数据。如下图所示，在有差异表达的数据中，ERBB2在膀胱癌、脑和神经瘤、乳腺癌和前列腺癌中高表达的几率较高（红色表示高表达，颜色越深表达量越高，蓝色反之）。第二步：ERBB2在乳腺癌中的表达为进一步分析ERBB2在我感兴趣的乳腺癌中的表达，点击左侧的数据筛选区里选择Breast cancer、Cancer vs. Normal和Clinical Specimen即可知道其在乳腺癌组织中的表达量是否升高。第三步：ERBB2的表达与乳腺癌TNM分期、分化和生存时间等临床病理特点及预后的关系点击样本量较大、数据可信度高的TCGA Breast或Curtis Breast，在GROUPED BY窗口中选择相应的临床资料分组就可得出ERBB2在相应的临床资料分组中的表达量。第四步：ERBB2共表达基因分析在Analysis Type中选择Coexpression Analysis，即可获得与ERBB2表达正相关性较高的基因。第五步：寻找差异表达基因若是还不知道从哪个基因下手，没关系，Oncomine也能帮你解决。在左侧选择Cancer Type和Cancer vs. Normal即可得到差异表达基因。选择多个乳腺癌，点击compare即可获得多个数据中肿瘤高表达基因。另外在搜索框中输入如Kinase、TGFbeta signaling或是cell migration即可获得相应的激酶、信号通路或是Go富集分析相关高表达基因。以上就是Oncomine在肿瘤研究中的基本功能，当然还可以获取其它有用的信息如药物敏感相关基因，我这里就不一一介绍了。大家可以结合自己的研究方向和兴趣进行搜索和筛选。您好，冒昧地请教您两个关于oncomine的问题：1、请问如何能够将数据使用箱体图展示？我能看到的全是柱状图；2、legend里面括号的数字是指检测了多少个样本还是指在多少样本里面检测到了所查询的基因呢？感谢感谢！
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鱼海豚和水 请问下，右侧的箱型图是怎么调出来的，我的都是柱形的找到啦，呵呵~请问是如何转为箱型图哒？感谢！
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请问得到的cancer vs normal 的结果 里图上方的rank top%是什么意思？
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谢谢！好帖子
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楼主能把账号借我用用吗？我现在急用
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关于丁香园随笔- 162&
如果你获得了一个肿瘤差异表达基因，想研究其是否可作为某种肿瘤的潜在标志物和靶点，又怕做实验会得到阴性结果，浪费时间和金钱，这时候你就应该想到Oncomine数据库了()。
Oncomine整合了GEO、TCGA和已发表的文献等来源的RNA和DNA-seq数据，只要你用非营利机构邮箱注册了就可以免费使用了。下面就以ERBB2基因为例跟着小诺一步一步搞定Oncomine吧。
第一步：ERBB2在肿瘤中的表达
在搜索框中输入ERBB2并设定P值、差异表达倍数和差异的排序就可以得到这个基因在各类肿瘤中的差异表达数据。如下图所示，在有差异表达的数据中，ERBB2在膀胱癌、脑和神经瘤、乳腺癌和前列腺癌中高表达的几率较高（红色表示高表达，颜色越深表达量越高，蓝色反之）。
第二步：ERBB2在乳腺癌中的表达
为进一步分析ERBB2在我感兴趣的乳腺癌中的表达，点击左侧的数据筛选区里选择Breast cancer、Cancer vs. Normal和Clinical Specimen即可知道其在乳腺癌组织中的表达量是否升高。
第三步：ERBB2的表达与乳腺癌TNM分期、分化和生存时间等临床病理特点及预后的关系
点击样本量较大、数据可信度高的TCGA Breast或Curtis Breast，在GROUPED BY窗口中选择相应的临床资料分组就可得出ERBB2在相应的临床资料分组中的表达量。
第四步：ERBB2共表达基因分析
在Analysis Type中选择Coexpression Analysis，即可获得与ERBB2表达正相关性较高的基因。
第五步：寻找差异表达基因
若是还不知道从哪个基因下手，没关系，Oncomine也能帮你解决。在左侧选择Cancer Type和Cancer vs. Normal即可得到差异表达基因。
选择多个乳腺癌，点击compare即可获得多个数据中肿瘤高表达基因。
另外在搜索框中输入如Kinase、TGFbeta signaling或是cell migration即可获得相应的激酶、信号通路或是Go富集分析相关高表达基因。
以上就是Oncomine在肿瘤研究中的基本功能，当然还可以获取其它有用的信息如药物敏感相关基因，我这里就不一一介绍了。大家可以结合自己的研究方向和兴趣进行搜索和筛选。
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阅读(...) 评论()基于oncomine和qPCR筛选高度鳞状上皮内病变相关基因--《浙江大学》2015年硕士论文
基于oncomine和qPCR筛选高度鳞状上皮内病变相关基因
【摘要】：目的：
利用Oncomine数据库筛选在宫颈鳞癌患者中高表达的基因,用实时荧光定量PCR (Real-time fluorescent quantitative polymerase chain reaction, qPCR)技术比较这些基因在高度鳞状上皮内病变(HSIL)患者中的表达情况,寻找表达异常的基因,探索与早期宫颈癌相关的基因。
利用Oncomine数据库挖掘在宫颈鳞癌中高表达的基因,加权计算后,重新排序,筛选出表达差异显著的基因；选择本地区12例高度鳞状上皮内病变(HSIL)病人,均行宫颈锥切术治疗,在已切下的宫颈组织中,分别选择病变组织和正常的官颈组织,分别提取组织中的RNA,逆转录成cDNA,采用qPCR技术检测,以公式：2△△ct＝2△Ct病变组织/2△ct正常组织(Ct值是指反应时收集的实时荧光强度达到设定阈值时所经历的扩增循环数)计算各基因表达的差异倍数,并用配对t检验,对比其在宫颈鳞癌病人中的表达。
在Oncomine数据库中挖掘出8个(MMP1, SPP1, APOC1, MMP12, NEK2, ECT2, IDO1, HELLS)在宫颈鳞癌病人中高表达的基因；在HSIL病人中,通过qPCR技术检测及数据统计分析后,发现有7个在宫颈鳞癌中高表达的基因(MMP1,SPP1, APOC1, MMP12, ECT2, IDO1, HELLS),在HSIL病人中同样呈高表达,差异具有统计学意义(P0.05),只有一个基因(NEK2)在本次实验的HSIL病人中表达无差异。
利用Oncomine的大样本数据,能迅速准确地挖掘出与宫颈鳞癌相关的基因。在宫颈鳞癌和在HSIL中共同高表达的7个基因,可能参与HSIL转化为宫颈鳞癌的过程,丰富了宫颈鳞癌的早期预警指标体系,为宫颈癌的早发现、预防及有效治疗提供科学依据,在可能为今后的深入研究奠定基础。
【关键词】：
【学位授予单位】：浙江大学【学位级别】：硕士【学位授予年份】：2015【分类号】：R737.33【目录】：
致谢4-5中文摘要5-7Abstract7-9目录9-101 绪论10-132 材料和方法13-20 2.1 实验器材与仪器13-16 2.2 实验方法16-19 2.3 数据分析19-203 结果20-43 3.1 oncomine数据库相关基因筛选20-33 3.2 各样本RNA质检报告33-34 3.3 每一个病人不同组织中基因的表达差异结果34-38 3.4 每一个基因在不同病人不同组织中的表达差异结果38-434 讨论43-465 总结46-47参考文献47-53综述53-59 参考文献56-59作者简历及在读期所取得的科研成果59
欢迎：、、)
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【参考文献】
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朱锦宇;史曼;张伟;朱庆生;药立波;;[J];国际骨科学杂志;2010年06期
潘祖汉;戈立秀;吴尚为;;[J];国际检验医学杂志;2012年06期
智艳芳;李肖甫;李雁青;荣守华;;[J];当代医学;2012年26期
刘兵;易琼英;杨联云;黄志成;;[J];国际检验医学杂志;2013年14期
崔宏春;余继忠;郑旭霞;周铁锋;敖存;;[J];安徽农业科学;2013年19期
鲁手涛;沈学红;周超;段翠海;张海军;;[J];工程塑料应用;2014年07期
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