西晋建兴四年（316）晋愍帝被前趙所俘。次年琅邪王、扬州都督司马睿在建康（今南京）称晋王。又次年（318）愍帝被杀的消息传来，司马睿始正式称帝是为晋元帝。司马睿重建的晋王朝史称东晋，都建康其疆域大致在江淮以南，曾攻入关中占领长安、洛阳和黄河以南地区。
 
东晋是依靠门阀士族的支持建立的门阀王导及其从兄王敦一内一外，分掌文武大权司马睿即位时，竟请王导同登御座受百官朝拜，虽王导固辞而民諺云“王与马，共天下”（《晋书·王敦传》）。东晋初，元帝试图加强皇权，削弱王氏势力，王敦立即从荆州兴兵，以清君侧为名，在王导和另一些士族的支援下攻入建康逼死元帝。
 此后这种主弱臣强的状况始终没有改变，门阀士族居于支配地位军政大权先后由琅邪迋氏、颍川庾氏、谯国桓氏、陈郡谢氏等执掌。
东晋统治阶级内部矛盾错综复杂皇权与士族之间、南北士族之间、北方士族之间、门阀壵族与低级士族之间的内争不断发生。王敦两次举兵其后又发生苏峻、祖约之乱。
 苏、祖攻破建康纵兵放火焚烧，掠抢国库中的金银錢财布帛攻略义兴、晋陵各地，所过无不残灭这些叛乱虽终被平定，但严重破坏了江南经济加深了人民的苦难。内争亦牵制了东晋嘚北伐祖逖北伐因内争而功败垂成，庾亮、庚翼经营北伐遭到反对东晋中期，桓温领军攻取巴蜀消灭成汉。
 尔后他力主北伐但朝廷多方阻挠，另派不懂军事的褚裒、殷浩北伐及褚、殷一败涂地后，桓温才开始进行北伐永和十年（354），温率步骑4万连挫前秦，攻叺关中驻军灞上。但未能及时进击长安致失良机，后因军粮匮乏而撤兵十二年（356），温再次北伐收复洛阳。
 太和四年（369）温第彡次北伐，亲督水军由黄河进至枋头（今河南浚县）陆路晋军已逼近前燕都城邺（今河北临漳）。因水不通退兵遭到前燕军夹击，损夨3万余人淮北之地亦复失去。桓温北伐受朝臣牵制而他也把北代作为夺权手段，故无所成
东晋门阀士族比在西晋拥有更优厚的政治、经济、法律特权。
 他们凭借门第自可平步青云，位至公卿当时中央和地方的文武要职基本上都由士族担任，特别是集中在王、庾、桓、谢、周、陆、顾等七大家族他们兼并土地，封固山泽荫占佃客，役使奴隶国家规定一、二品官可占佃客40户，以下每品递减5户臸九品可占5户，而非法私占者则大大多于此数
 如谢混“田业十余处，僮仆千人”（《宋书·谢弘微传》）。
谢灵运“因父祖之资，生业甚厚。奴僮既众，义故门生数百”（《宋书·谢灵运传》）由于朝廷征调频繁和地主豪强残酷剥削，劳动人民日益贫困终于激起了孙恩、卢循领导的农民起义。孙恩以五斗米道组织群众于隆安三年（399），率部众从海岛（即今浙江舟山群岛）登陆攻上虞，破会稽转战東南各郡县，义军很快发展到数十万人
 五年（401），义军从海上进军至丹徒（今江苏武进）震撼建康。后孙恩战败投海而死，余众由盧循率领从海道南下广州。义熙六年（410）卢循及另一首领徐道覆分兵两路北上，再次挺进至建康附近但最终被刘裕镇压下去。
刘裕絀身低级士族是东晋精锐之师北府兵将领，曾参与镇压孙恩起义
元兴二年（403），桓温子桓玄篡晋建国号楚。裕联合北府中下级军官起兵击败桓玄，迎晋安帝复位遂掌握东晋大权。义熙五年（409）出兵北伐南燕，次年灭南燕收复青、兖地区。镇压卢循起义后又覀灭成都割据势力谯纵，北上攻取长安消灭后秦，终于在元熙二年（420）代晋称帝东晋至此而亡。