21世纪初恐怖分子袭击了基因实驗基地，特殊病毒流出基地 　　受此影响，人类脑中与感知相关部分产生变异可以看到幽灵和妖怪了。 　　人类将这些幽灵妖怪称为“phantom（怪灵）” 　　这次事件前后出生的孩子们其中有些人拥有特殊能力，可以与怪灵对抗 　　防卫省在全国数十个中小学校内设置名為“脑功能异常对策室”的社团，让这些孩子解决怪灵带来的问题 　　赫塞亚学院高一学生一条晴彦拥有特殊能力，是社团的一员 　　他的前辈川神舞，以及拥有“phantom eater（怪灵吞噬者）”绰号的特殊能力者和泉玲奈以及“反怪灵要员”水无濑小糸， 　　他们一同艰苦而快樂地投入了与怪灵的作战中 　　然后，总有一天他们会明白这个世界的真相……