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专业背景：计算机科学
研究方向与兴趣: JavaEE-Web软件开发,
生物信息学, 数据挖掘与机器学习, 智能信息系统
目前工作: 基因组, 转录组, NGS高通量数据分析, 生物数据挖掘, 植物系统发育和比较进化基因组学
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blogTitle:'NCBI中Blast序列比对结果解释',
blogAbstract:'NCBI中Blast可以用来进行序列比对、检验引物特异性 Blast导航主页面主体包括三部分 BLAST Assembled Genomes选择你要对比的物种，点击物种之后即可进入对比页面 Basic BLAST包含5个常用的Blast，每一个都附有简单介绍 Specialized BLAST是一些特殊目的的Blast，如Primer-BLAST、IgBLAST 根据需要做出选择
本人本学期学习了最基本的核苷酸序列的比对 点击Basic BLAST部分的nucleotide链接到一个新的页面，打开后的页面特征： 大体上包括三个部分 Enter Query Sequence部分可以让我们输入序列，其中的Job Title部分可以为本次工作命一个名字 Choose Search Set部分可以选择要与目的',
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NCBI在线Blast的图文说明
BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。
BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。
Blast中常用的程序介绍：
1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。
2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。
3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。
4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。
5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。
NCBI的在线blast：http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
1，进入在线blast界面，可以选择blast特定的物种（如人，小鼠，水稻等），也可以选择blast所有的核酸或蛋白序列。不同的blast程序上面已经有了介绍。这里以常用的核酸库作为例子。
2，粘贴fasta格式的序列。选择一个要比对的数据库。关于数据库的说明请看NCBI在线blast数据库的简要说明。一般的话参数默认。
3，blast参数的设置。注意显示的最大的结果数跟E值，E值是比较重要的。筛选的标准。最后会说明一下。
4，注意一下你输入的序列长度。注意一下比对的数据库的说明。
5，blast结果的图形显示。没啥好说的。
6，blast结果的描述区域。注意分值与E值。分值越大越靠前了，E值越小也是这样。
7，blast结果的详细比对结果。注意比对到的序列长度。评价一个blast结果的标准主要有三项，E值（Expect)，一致性(Identities)，缺失或插入（Gaps）。加上长度的话，就有四个标准了。如图中显示，比对到的序列长度为1405，看Identities这一值，才匹配到1344bp,而输入的序列长度也是为1344bp（看上面的图），就说明比对到的序列要长一点。由Qurey（起始1）和Sbjct(起始35)的起始位置可知，5'端是是多了一段的。有时也要注意3'端的。
E值（Expect)：表示随机匹配的可能性，E值越大，随机匹配的可能性也越大。E值接近零或为零时，具本上就是完全匹配了。
一致性(Identities)：或相似性。匹配上的碱基数占总序列长的百分数。
缺失或插入（Gaps）：插入或缺失。用&—&来表示。
我不知道图片不能粘贴的，以为自己就显示了....
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