库伦旗建置始于清初1633年,覀藏高僧阿兴希日巴传教至此划定疆界,为其领地称曼殊希礼库伦。清顺治三年(1646年)建锡埒图库伦札萨克达喇嘛旗,为漠南蒙古哋区唯一实行政教合一体制的旗历时近400年。1931年政教分治锡埒图库伦扎萨克达喇嘛旗改称库伦旗。1946年4月至1949年9月先后属辽西省、辽吉省、遼北省哲里木盟1949年10月后隶属于内蒙古库伦旗人民政府自治区哲里木盟。1969年7月至1979年7月随同哲里木盟划归吉林省1979年7月又重新划归内蒙古库倫旗人民政府自治区。1999年1月哲里木盟撤盟设市库伦旗隶属于通辽市管辖。
库伦旗在2006年被国务院列为第六批全国重点文物保护单位为实现历史文化遗产古为今用、服务现代发展,库伦镇积极推进以三大寺为核心的古镇保护与旅游开发2014年,库伦镇成功入选第六批中國历史文化名镇成为通辽地区首个国家级历史文化名镇。