求助大神这叫什么歌做过snp的大神们
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时间：2015-12-11 01:57
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这个帖子发布于2年零246天前，其中的信息可能已发生改变或有所发展。
问题已解决悬赏丁当:2
请问各位高手：1、同一个基因同一个SNP为什么有不同的名字啊？（比如ATM IVS22-77 T&G和rs664677就是同一个SNP）2、对于基因的位点有多少种命名方法？分别怎么命名啊？3、假如我在pubmed中搜索一个SNP，结果出来后我能知道它位于基因的什么区域吗？怎么看啊？4、最后一个问题，怎么保证在pubmed中查全关于一个SNP的所有文献（因为有不同的名字）？一次性问了好多，希望大家不要见怪啊，因为这些问题实在困扰我好久了！希望对这些问题（哪怕一个）有见解的人出来帮帮我啊！感激不尽！
gyluisme edited on
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1、同一个基因同一个SNP为什么有不同的名字啊？（比如ATM IVS22-77 T&G和rs664677就是同一个SNP）rs相当于人的身份证号，ATM IVS22-77 T&G 相当于小名，（这儿的小名不会重）；一般包含等位基因变异信息和具体位置。只有少数 热门SNP才有这个，大部分都以规范的rs表示。2、对于基因的位点有多少种命名方法？分别怎么命名啊？rs为准3、假如我在pubmed中搜索一个SNP，结果出来后我能知道它位于基因的什么区域吗？怎么看啊？输入SNP的rs号4、最后一个问题，怎么保证在pubmed中查全关于一个SNP的所有文献（因为有不同的名字）？无法保证 100%，一般输入rs号加 常见的名称（常用的不会超过两个，pubmed中查查就有了）如果要查全，建议输入 基因名称+多态性+某病症 或某病
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谢谢啊！关于第三个问题能说的详细点吗？
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gyluisme 谢谢啊！关于第三个问题能说的详细点吗？你要引用 我我才能看得到你可以先摸索一下 NCBI这里面大部分SNP 在pubmed报道的文章中也会提到区域的
anyida05 edited on
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anyida05 你要引用 我我才能看得到你可以先摸索一下 NCBI这里面大部分SNP 在pubmed报道的文章中也会提到区域的我搜出来结果后，不太会看SNP在基因序列上的区域，好多东西，不知道看哪！您看是下面这样的图吗？还想问下，假如我想搜索一些关于某一个SNP的文献，我直接在pubmed的检索框里输入该SNP的rs号就可以吗？我总觉得这样查到的东西好像不太对，可能有的人用的其他名字而不是rs号，而且有的位点检索之后根本没有结果，恐怕不是没有报道吧？
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我搜出来结果后，不太会看SNP在基因序列上的区域，好多东西，不知道看哪！您看是下面这样的图吗？你是要的 region OR position 还想问下，假如我想搜索一些关于某一个SNP的文献，我直接在pubmed的检索框里输入该SNP的rs号就可以吗？我总觉得这样查到的东西好像不太对，可能有的人用的其他名字而不是rs号，而且有的位点检索之后根本没有结果，恐怕不是没有报道吧？仅用rs是不全，但也有许多许多rs号没有报道。要全的话检索 基因
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anyida05 我搜出来结果后，不太会看SNP在基因序列上的区域，好多东西，不知道看哪！您看是下面这样的图吗？你是要的 region OR position 还想问下，假如我想搜索一些关于某一个SNP的文献，我直接在pubmed的检索框里输入该SNP的rs号就可以吗？我总觉得这样查到的东西好像不太对，可能有的人用的其他名字而不是rs号，而且有的位点检索之后根本没有结果，恐怕不是没有报道吧？仅用rs是不全，但也有许多许多rs号没有报道。要全的话检索 基因谢谢
关于丁香园求替换snp位点的脚本 - ChinaUnix.net - Powered by Discuz!
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标题: 求替换snp位点的脚本
作者: yang7473453& & 时间:
22:06 & & 标题: 求替换snp位点的脚本
本帖最后由 yang7473453 于
12:19 编辑
现有两个文件，一个是fasta文件，一个snp位点信息文件，如下
TTTTTTAAAAAAAAAAGGGGGGCCCCCCCCCAAAAAA
GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
TTTTTTTTTTTTTTTTTAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGG
CCCCCCCCCCCCCTT
基因号& && & 位置& && &snp碱基
gh2222& && && &5& && && && &&&A
gh2222& && && &22& && && && &A
gh2222& && && &9& && && && &&&G
gh2242& && && &15& && && && &C
需要根据文件二中的信息将文件中相应的snp位点替换掉，生成新的替换后的文件，求perl脚本！
作者: huang6894& & 时间:
substr......
作者: yang7473453& & 时间:
大神，可以具体一点吗？回复
作者: ntwarren& & 时间:
位置是从1开始算还是从0开始算, 文件中:
TTTTTTAAAAAAAAAAGGGGGGCCCCCCCCCAAAAAA
GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
只要替换第一行的还是两行都要?文件的具体格式是不是都是两行组成的?
问题描述不清,则无法回答.
你要给个简单的例子说明你要想的结果.
作者: yang7473453& & 时间:
位置从0开始算，序列不管有几行都把它当连续的一段来看回复
作者: yang7473453& & 时间:
给你一个具体一点的，文件一：
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
文件二：& && &位置信息是按同一个序列的所有碱基计算的
序列名& && & 位置& && & 碱基
gg22& && && && & 5& && && && & T
gg22& && && && & 15& && && &&&T
gg25& && && && & 8& && && && & A
需要生成的文件：& &文件三
AAAATAAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
GGGGGGGAGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
& && && && &
文件一中每个序列的行数不一样，根据文件二中的信息将文件一中相应的位置替换碱基，
没有替换过的序列就按文件一中的再次输出一遍，得到替换碱基后的文件三。不知道脚本要怎么写？
作者: zxy& & 时间:
awk -v RS=&&& -v OFS=&\n&&&'FNR==NR{for (i=4;i&=NF;i+=3) if($i~/[0-9a-Z]/)a[$i]=$(i+1)&#&$(i+2)&#&a[$i];next}NR&FNR&&FNR&1{
& if(a[$1]){split(a[$1],b,&#&);split($2,c,&&);for(j=1;j&=length(c);j++){for(s=1;s&=length(b);s+=2) if(j==b[s]) c[j]=b[s+1]}
& for (k=1;k&=length(c);k++){t=t c[k];$2=t}t=&&}}{if($0!~/^$/) print &&&$0}' file2 file1
&gg22
AAAATAAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
&gg23
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
&gg25
GGGGGGGAGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG复制代码回复
yang7473453 perl不会，上个awk的吧！
作者: yang7473453& & 时间:
很感谢您的帮助，只是不懂awk，很抱歉回复
作者: huang6894& & 时间:
#!/usr/bin/perl -w
my($fa, $snp) = @ARGV;
my %
open SNP,&& $snp& or die &$!&;
while(&SNP&){
& & & &
& & & & my($chr, $pos, $mut) =
& & & & push @{ $hash{$chr} },{ P =& $pos, M =& $mut };
}
close SNP;
$/ = '&';
open FA,&& $fa& or die &$!&;
&FA&;
while(&FA&){
& & & &
& & & & my ( $CHR, @SEQ ) =
& & & & unless(exists $hash{$CHR}){
& & & & & & & & print &&&.$_;
& & & & & & & &
& & & & }
& & & & my $SEQ = join '', @SEQ;
& & & & for my $C ( @{ $hash{$CHR} } ) {
& & & & & & & & substr( $SEQ, $C-&{P}, 1 ) = $C-&{M};
& & & & }
& & & & print &&$CHR\n$SEQ\n&;
}
close FA;
$/ = '\n';复制代码
作者: ntwarren& & 时间:
用这个吧, 能保留你每一小段的换行风格不变.
open FILE1, &&&, &file1.txt&;
open FILE2, &&&, &file2.txt&;
open FILE3, &&&, &file3.txt&;
my @file2 = map { [split /\s+/] } &FILE2&;
while(&FILE1&){
& & if(/^&(\w+)/){
& && &&&if(defined($name)){
& && && && &for my $a (@file2){
& && && && && & if($a-&[0] eq $name){
& && && && && && &&&my @totalLineFeed = substr($content,0,$a-&[1]) =~ /\n/g;
& && && && && && &&&substr($content,$a-&[1]-1 + @totalLineFeed,1)=$a-&[2];
& && && && && & }
& && && && &}
& && && && &print FILE3 &&&.$name.&\n&.$
& && && && &
& && &&&$name = $1;
& && &&&$content = &&;
& & } else {
& && &&&$content .= $_;
作者: yang7473453& & 时间:
非常感谢，已解决回复
作者: yang7473453& & 时间:
非常感谢，已解决回复
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snp燕窝面膜真假求神帮忙辨&左边韩代右边同买用觉&左边精华较少面膜纸拿袋基本剩精华偏香右边精华面膜纸拿袋能倒精华自香&面面膜纸韩代&&&&&&&
我有更好的答案
月要看规渠道购买使用没效
面膜太干了反而会吸走皮肤上的水分
燕窝面膜,其实都差不多, 面膜实际上就是水
这款面膜挺厚的
教你一个方法
把面膜剪开用火烧
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文献或论坛中有很多关于SNP与性状的相关性研究，但好像很少见到用SNP建模来预测某种具体的数量性状。我现在想用一百多个SNP来构建预测昆虫繁殖力的模型，刚开始用回归的方法，但因为SNP是离散型的，在模型中要用1和0来代替，这样的话不知道科学不科学?文献中似乎有提到过遗传育种值什么的，不知道是不是可以用其他相对等量的数值方式来表示SNP的基因型？以前没接触过数学统计方面的，还请前辈们多多赐教。如果有愿意提供有偿服务的也求之不得。谢谢。
handsomestc edited on
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非常谢谢提供的参考文献，我阅读了一遍，好像没有相关的信息。还请大家多多指导，如果谁可以提供有偿数据分析服务，也很欢迎。谢谢
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handsomestc 非常谢谢提供的参考文献，我阅读了一遍，好像没有相关的信息。还请大家多多指导，如果谁可以提供有偿数据分析服务，也很欢迎。谢谢http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC50390/?page=1
若实在没有，那就怀疑设计的可行性了
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文献或论坛中有很多关于SNP与性状的相关性研究，但好像很少见到用SNP建模来预测某种具体的数量性状。我现在想用一百多个SNP来构建预测昆虫繁殖力的模型，刚开始用回归的方法，但因为SNP是离散型的，在模型中要用1和0来代替，这样的话不知道科学不科学?文献中似乎有提到过遗传育种值什么的，不知道是不是可以用其他相对等量的数值方式来表示SNP的基因型？以前没接触过数学统计方面的，还请前辈们多多赐教。如果有愿意提供有偿服务的也求之不得。谢谢。
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若实在没有，那就怀疑设计的可行性了
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请问各位高手：1、同一个基因同一个SNP为什么有不同的名字啊？（比如ATM IVS22-77 T&G和rs664677就是同一个SNP）2、对于基因的位点有多少种命名方法？分别怎么命名啊？3、假如我在pubmed中搜索一个SNP，结果出来后我能知道它位于基因的什么区域吗？怎么看啊？4、最后一个问题，怎么保证在pubmed中查全关于一个SNP的所有文献（因为有不同的名字）？一次性问了好多，希望大家不要见怪啊，因为这些问题实在困扰我好久了！希望对这些问题（哪怕一个）有见解的人出来帮帮我啊！感激不尽！
gyluisme edited on
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1、同一个基因同一个SNP为什么有不同的名字啊？（比如ATM IVS22-77 T&G和rs664677就是同一个SNP）rs相当于人的身份证号，ATM IVS22-77 T&G 相当于小名，（这儿的小名不会重）；一般包含等位基因变异信息和具体位置。只有少数 热门SNP才有这个，大部分都以规范的rs表示。2、对于基因的位点有多少种命名方法？分别怎么命名啊？rs为准3、假如我在pubmed中搜索一个SNP，结果出来后我能知道它位于基因的什么区域吗？怎么看啊？输入SNP的rs号4、最后一个问题，怎么保证在pubmed中查全关于一个SNP的所有文献（因为有不同的名字）？无法保证 100%，一般输入rs号加 常见的名称（常用的不会超过两个，pubmed中查查就有了）如果要查全，建议输入 基因名称+多态性+某病症 或某病
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谢谢啊！关于第三个问题能说的详细点吗？
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gyluisme 谢谢啊！关于第三个问题能说的详细点吗？你要引用 我我才能看得到你可以先摸索一下 NCBI这里面大部分SNP 在pubmed报道的文章中也会提到区域的
anyida05 edited on
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anyida05 你要引用 我我才能看得到你可以先摸索一下 NCBI这里面大部分SNP 在pubmed报道的文章中也会提到区域的我搜出来结果后，不太会看SNP在基因序列上的区域，好多东西，不知道看哪！您看是下面这样的图吗？还想问下，假如我想搜索一些关于某一个SNP的文献，我直接在pubmed的检索框里输入该SNP的rs号就可以吗？我总觉得这样查到的东西好像不太对，可能有的人用的其他名字而不是rs号，而且有的位点检索之后根本没有结果，恐怕不是没有报道吧？
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我搜出来结果后，不太会看SNP在基因序列上的区域，好多东西，不知道看哪！您看是下面这样的图吗？你是要的 region OR position 还想问下，假如我想搜索一些关于某一个SNP的文献，我直接在pubmed的检索框里输入该SNP的rs号就可以吗？我总觉得这样查到的东西好像不太对，可能有的人用的其他名字而不是rs号，而且有的位点检索之后根本没有结果，恐怕不是没有报道吧？仅用rs是不全，但也有许多许多rs号没有报道。要全的话检索 基因
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anyida05 我搜出来结果后，不太会看SNP在基因序列上的区域，好多东西，不知道看哪！您看是下面这样的图吗？你是要的 region OR position 还想问下，假如我想搜索一些关于某一个SNP的文献，我直接在pubmed的检索框里输入该SNP的rs号就可以吗？我总觉得这样查到的东西好像不太对，可能有的人用的其他名字而不是rs号，而且有的位点检索之后根本没有结果，恐怕不是没有报道吧？仅用rs是不全，但也有许多许多rs号没有报道。要全的话检索 基因谢谢
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标题: 求替换snp位点的脚本
作者: yang7473453& & 时间:
22:06 & & 标题: 求替换snp位点的脚本
本帖最后由 yang7473453 于
12:19 编辑
现有两个文件，一个是fasta文件，一个snp位点信息文件，如下
TTTTTTAAAAAAAAAAGGGGGGCCCCCCCCCAAAAAA
GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
TTTTTTTTTTTTTTTTTAAAAAAAAAAAAAAGGGGGGG
CCCCCCCCCCCCCTT
基因号& && & 位置& && &snp碱基
gh2222& && && &5& && && && &&&A
gh2222& && && &22& && && && &A
gh2222& && && &9& && && && &&&G
gh2242& && && &15& && && && &C
需要根据文件二中的信息将文件中相应的snp位点替换掉，生成新的替换后的文件，求perl脚本！
作者: huang6894& & 时间:
substr......
作者: yang7473453& & 时间:
大神，可以具体一点吗？回复
作者: ntwarren& & 时间:
位置是从1开始算还是从0开始算, 文件中:
TTTTTTAAAAAAAAAAGGGGGGCCCCCCCCCAAAAAA
GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
只要替换第一行的还是两行都要?文件的具体格式是不是都是两行组成的?
问题描述不清,则无法回答.
你要给个简单的例子说明你要想的结果.
作者: yang7473453& & 时间:
位置从0开始算，序列不管有几行都把它当连续的一段来看回复
作者: yang7473453& & 时间:
给你一个具体一点的，文件一：
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
GGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
文件二：& && &位置信息是按同一个序列的所有碱基计算的
序列名& && & 位置& && & 碱基
gg22& && && && & 5& && && && & T
gg22& && && && & 15& && && &&&T
gg25& && && && & 8& && && && & A
需要生成的文件：& &文件三
AAAATAAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
GGGGGGGAGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG
& && && && &
文件一中每个序列的行数不一样，根据文件二中的信息将文件一中相应的位置替换碱基，
没有替换过的序列就按文件一中的再次输出一遍，得到替换碱基后的文件三。不知道脚本要怎么写？
作者: zxy& & 时间:
awk -v RS=&&& -v OFS=&\n&&&'FNR==NR{for (i=4;i&=NF;i+=3) if($i~/[0-9a-Z]/)a[$i]=$(i+1)&#&$(i+2)&#&a[$i];next}NR&FNR&&FNR&1{
& if(a[$1]){split(a[$1],b,&#&);split($2,c,&&);for(j=1;j&=length(c);j++){for(s=1;s&=length(b);s+=2) if(j==b[s]) c[j]=b[s+1]}
& for (k=1;k&=length(c);k++){t=t c[k];$2=t}t=&&}}{if($0!~/^$/) print &&&$0}' file2 file1
&gg22
AAAATAAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
&gg23
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
&gg25
GGGGGGGAGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGG复制代码回复
yang7473453 perl不会，上个awk的吧！
作者: yang7473453& & 时间:
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作者: huang6894& & 时间:
#!/usr/bin/perl -w
my($fa, $snp) = @ARGV;
my %
open SNP,&& $snp& or die &$!&;
while(&SNP&){
& & & &
& & & & my($chr, $pos, $mut) =
& & & & push @{ $hash{$chr} },{ P =& $pos, M =& $mut };
}
close SNP;
$/ = '&';
open FA,&& $fa& or die &$!&;
&FA&;
while(&FA&){
& & & &
& & & & my ( $CHR, @SEQ ) =
& & & & unless(exists $hash{$CHR}){
& & & & & & & & print &&&.$_;
& & & & & & & &
& & & & }
& & & & my $SEQ = join '', @SEQ;
& & & & for my $C ( @{ $hash{$CHR} } ) {
& & & & & & & & substr( $SEQ, $C-&{P}, 1 ) = $C-&{M};
& & & & }
& & & & print &&$CHR\n$SEQ\n&;
}
close FA;
$/ = '\n';复制代码
作者: ntwarren& & 时间:
用这个吧, 能保留你每一小段的换行风格不变.
open FILE1, &&&, &file1.txt&;
open FILE2, &&&, &file2.txt&;
open FILE3, &&&, &file3.txt&;
my @file2 = map { [split /\s+/] } &FILE2&;
while(&FILE1&){
& & if(/^&(\w+)/){
& && &&&if(defined($name)){
& && && && &for my $a (@file2){
& && && && && & if($a-&[0] eq $name){
& && && && && && &&&my @totalLineFeed = substr($content,0,$a-&[1]) =~ /\n/g;
& && && && && && &&&substr($content,$a-&[1]-1 + @totalLineFeed,1)=$a-&[2];
& && && && && & }
& && && && &}
& && && && &print FILE3 &&&.$name.&\n&.$
& && && && &
& && &&&$name = $1;
& && &&&$content = &&;
& & } else {
& && &&&$content .= $_;
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非常感谢，已解决回复
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非常感谢，已解决回复
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非常谢谢提供的参考文献，我阅读了一遍，好像没有相关的信息。还请大家多多指导，如果谁可以提供有偿数据分析服务，也很欢迎。谢谢
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handsomestc 非常谢谢提供的参考文献，我阅读了一遍，好像没有相关的信息。还请大家多多指导，如果谁可以提供有偿数据分析服务，也很欢迎。谢谢http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC50390/?page=1
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【求助】用SNP做预测模型
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文献或论坛中有很多关于SNP与性状的相关性研究，但好像很少见到用SNP建模来预测某种具体的数量性状。我现在想用一百多个SNP来构建预测昆虫繁殖力的模型，刚开始用回归的方法，但因为SNP是离散型的，在模型中要用1和0来代替，这样的话不知道科学不科学?文献中似乎有提到过遗传育种值什么的，不知道是不是可以用其他相对等量的数值方式来表示SNP的基因型？以前没接触过数学统计方面的，还请前辈们多多赐教。如果有愿意提供有偿服务的也求之不得。谢谢。
handsomestc edited on
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非常谢谢提供的参考文献，我阅读了一遍，好像没有相关的信息。还请大家多多指导，如果谁可以提供有偿数据分析服务，也很欢迎。谢谢
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handsomestc 非常谢谢提供的参考文献，我阅读了一遍，好像没有相关的信息。还请大家多多指导，如果谁可以提供有偿数据分析服务，也很欢迎。谢谢http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC50390/?page=1
若实在没有，那就怀疑设计的可行性了
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