【摘要】：【目的】研究猪HGD基因第14外显子单核苷酸多态性对猪胴体和肉质性状的遗传效应。【方法】以金华×皮特兰资源家系F2代猪为研究材料,用PCR-SSCP方法检测猪HGD基因第14外显子的多态片段,并分析了猪HGD基因型间胴体和肉质性状的差异。【结果】发现了3种基因型(CC、CT和TT)。对纯合子个体测序检测发现,在猪HGD基因第14外显子序列EF011080 143 bp处存在C→T的单核苷酸变异,这一变异导致相应的蛋白质序列中脯氨酸(Pro)到丝氨酸(Ser)的替换。在试验猪群中,等位基因C的频率比等位基因T高,为78.3%;CC基因型个体占多数,达67.3%;适合性χ2检验表明,该座位在金华×皮特兰资源家系F2代猪群体中处于非遗传平衡状态。CT基因型猪腿臀重分别较CC和TT基因型猪高0.33和0.45 kg(P0.05);CT基因型猪臀背膘厚、眼肌面积、肌肉粗蛋白含量和眼肌电导率分别较CC基因型猪高0.31 cm,3.29 cm2,0.73%和1.38(P0.05);CT基因型猪的眼肌pH45、腿臀肌肉pH45和腿臀肌温度分别较CC基因型猪低0.26,0.23和1.21℃(P0.05)。【结论】HGD基因可能是影响猪胴体、肉质性状的主效基因或与主效基因紧密连锁的标记基因。

1. 一种猪的SNP标记，所述SNP标记包括如下14种SNP标记中的至少一种， 第一SNP标记：10.2版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第位点 的核苷酸Y1，对应于SEQ ID NO: 1上的从5’端起的第346位点的核苷酸Y1，所述Y1选自GSA; 第二SNP标记：10.2版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第位点 的核苷酸Y2,对应于SEQ ID N0:2上的从5’端起的第578位点的核苷酸Y2,所述Y2选自CST; 第三SNP标记：10.2版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第位点 的核苷酸Y3,对应于SEQ ID N0:3上的从5’端起的第501位点的核苷酸Y3,所述Y3选自GSA; 第四SNP标记：10.2版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第位点 的核苷酸Y4,对应于SEQ ID N0:4上的从5’端起的第301位点的核苷酸Y4,所述Y4选自CST; 第五SNP标记：10.2版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第位点 的核苷酸Y5,对应于SEQ ID N0:5上的从5’端起的第301位点的核苷酸Y5,所述Y5选自GSA; 第六SNP标记：10.2版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第位点 的核苷酸Y6,对应于SEQ ID N0:6上的从5’端起的第301位点的核苷酸Y6,所述Y6选自ASG; 第七SNP标记：10.2版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第位点 的核苷酸Y7,对应于SEQ ID N0:7上的从5’端起的第301位点的核苷酸Y7,所述Y7选自CST; 第八SNP标记：10.2版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第位点 的核苷酸Y8,对应于SEQ ID N0:8上的从5’端起的第301位点的核苷酸Y8,所述Y8选自CST; 第九SNP标记：10.2版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第位点 的核苷酸Y9,对应于SEQ ID N0:9上的从5’端起的第301位点的核苷酸Y9,所述Y9选自GSA; 第十SNP标记：10.2版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第位点 的核苷酸Y1Q，对应于SEQ ID NO: 10上的从5’端起的第301位点的核苷酸Y1Q，所述Yiq选自G或 C； 第^^一SNP标记：10.2版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第位 点的核苷酸Y11，对应于SEQ ID NO: 11上的从5’端起的第301位点的核苷酸Y11，所述Y11选自G 或A; 第十二SNP标记：10.2版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第位 点的核苷酸Y12,对应于SEQ ID NO: 12上的从5’端起的第301位点的核苷酸Y12,所述Y12选自G 或T; 第十三SNP标记：10.2版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第位 点的核苷酸Y13,对应于SEQ ID NO: 13上的从5’端起的第301位点的核苷酸Y13,所述Y13选自A 或G; 第十四SNP标记：10.2版本国际猪基因组的17号染色体上的从5’端起的第位 点的核苷酸Y14,对应于SEQ

2. 根据权利要求1所述的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记选自第一 SNP标记、第二 SNP标记、第三SNP标记、第四SNP标记、第五SNP标记、第六SNP标记、第七SNP标记和第八SNP 标记中的至少一种。

3. —种核酸序列，所述核酸序列为包含如权利要求1或2所述的SNP标记的核酸序列，所 述核酸序列选自DNA序列、cDNA序列和RNA序列中的至少一种。

6. 如权利要求I或2所述的SNP标记在测定和/或遗传改良猪的生长性状中的应用，所述 生长性状包括猪胴体体长、猪胴体斜长、猪胴体重、猪胸背膘厚和猪颈椎总长中的至少一 种。

7. 根据权利要求6所述的应用，其特征在于，所述猪选自纯种长白猪、纯种大白猪、含有 长白血统的合成系、含有长白血统的配套系、含有长白血统的杂交猪、含有大白血统的合成 系、含有大白血统的配套系、含有大白血统的杂交猪中的至少一种； 优选所述猪选自纯种长白猪、纯种大白猪、杜洛克猪和长白猪的杂交猪、杜洛克猪和大 白猪的杂交猪，以及杜洛克猪、长白猪和大白猪三种猪的杂交猪种的至少一种。

8. —种猪的遗传改良的方法，所述方法包括:确定种猪核心群中的种猪的如权利要求1 或2所述的SNP标记，并根据所述SNP标记做出相应的选择： 对于第一 SNP标记，在所述种猪核心群中选择在所述第位点为AA和GA基因型 的种猪个体，淘汰在该位点为G G基因型的种猪个体，以逐代提尚该位点的等位基因A的频 率;优选在所述种猪核心群中选择在所述第位点为AA基因型的种猪个体，淘汰在 该位点为GA和GG基因型的种猪个体，以逐代提尚该位点的等位基因A的频率； 对于第二SNP标记，在所述种猪核心群中选择在所述第位点为TT和CT基因型 的种猪个体，淘汰在该位点为C C基因型的种猪个体，以逐代提尚该位点的等位基因T的频 率;优选在所述种猪核心群中选择在所述第位点为TT基因型的种猪个体，淘汰在 该位点为CT和CC基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因T的频率； 在对于第三SNP标记，在所述种猪核心群中选择在所述第位点为AA和GA基因 型的种猪个体，淘汰在该位点为GG基因型的种猪个体，以逐代提尚该位点的等位基因A的频 率;优选在所述种猪核心群中选择在所述第位点为AA基因型的种猪个体，淘汰在 该位点为GA和GG基因型的种猪个体，以逐代提尚该位点的等位基因A的频率； 对于第四SNP标记，在所述种猪核心群中选择在所述第位点为TT和CT基因型 的种猪个体，淘汰在该位点为C C基因型的种猪个体，以逐代提尚该位点的等位基因T的频 率;优选在所述种猪核心群中选择在所述第位点为TT基因型的种猪个体，淘汰在 该位点为CT和CC基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因T的频率； 对于第五SNP标记，在所述种猪核心群中选择在所述第位点为AA和GA基因型 的种猪个体，淘汰在该位点为G G基因型的种猪个体，以逐代提尚该位点的等位基因A的频 率;优选在所述种猪核心群中选择在所述第位点为AA基因型的种猪个体，淘汰在 该位点为GA和GG基因型的种猪个体，以逐代提尚该位点的等位基因A的频率； 对于第六SNP标记，在所述种猪核心群中选择在所述第位点为GG和GA基因型 的种猪个体，淘汰在该位点为A A基因型的种猪个体，以逐代提尚该位点的等位基因G的频 率;优选在所述种猪核心群中选择在所述第位点为GG基因型的种猪个体，淘汰在 该位点为GA和AA基因型的种猪个体，以逐代提尚该位点的等位基因G的频率； 对于第七SNP标记，在所述种猪核心群中选择在所述第位点为TT和CT基因型 的种猪个体，淘汰在该位点为C C基因型的种猪个体，以逐代提尚该位点的等位基因T的频 率;优选在所述种猪核心群中选择在所述第位点为TT基因型的种猪个体，淘汰在 该位点为CT和CC基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因T的频率； 对于第八SNP标记，在所述种猪核心群中选择在所述第位点为TT和CT基因型 的种猪个体，淘汰在该位点为C C基因型的种猪个体，以逐代提尚该位点的等位基因T的频 率;优选在所述种猪核心群中选择在所述第位点为TT基因型的种猪个体，淘汰在 该位点为CT和CC基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因T的频率； 对于第九SNP标记，在所述种猪核心群中选择在所述第位点为AA和GA基因型 的种猪个体，淘汰在该位点为G G基因型的种猪个体，以逐代提尚该位点的等位基因A的频 率;优选在所述种猪核心群中选择在所述第位点为AA基因型的种猪个体，淘汰在 该位点为GA和GG基因型的种猪个体，以逐代提尚该位点的等位基因A的频率； 对于第十SNP标记，在所述种猪核心群中选择在所述第位点为CC和GC基因型 的种猪个体，淘汰在该位点为G G基因型的种猪个体，以逐代提尚该位点的等位基因C的频 率;优选在所述种猪核心群中选择在所述第位点为CC基因型的种猪个体，淘汰在 该位点为GC和GG基因型的种猪个体，以逐代提尚该位点的等位基因C的频率； 对于第十一 SNP标记，在所述种猪核心群中选择在所述第位点为AA和GA基因 型的种猪个体，淘汰在该位点为GG基因型的种猪个体，以逐代提尚该位点的等位基因A的频 率;优选在所述种猪核心群中选择在所述第位点为AA基因型的种猪个体，淘汰在 该位点为GA和GG基因型的种猪个体，以逐代提尚该位点的等位基因A的频率； 对于第十二SNP标记，在所述种猪核心群中选择在所述第位点为TT和GT基因 型的种猪个体，淘汰在该位点为GG基因型的种猪个体，以逐代提尚该位点的等位基因T的频 率;优选在所述种猪核心群中选择在所述第位点为TT基因型的种猪个体，淘汰在 该位点为GT和GG基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因T的频率； 对于第十三SNP标记，在所述种猪核心群中选择在所述第位点为GG和GA基因 型的种猪个体，淘汰在该位点为AA基因型的种猪个体，以逐代提尚该位点的等位基因G的频 率;优选在所述种猪核心群中选择在所述第位点为GG基因型的种猪个体，淘汰在 该位点为GA和AA基因型的种猪个体，以逐代提尚该位点的等位基因G的频率； 对于第十四SNP标记，在所述种猪核心群中选择在所述第位点为CC和GC基因 型的种猪个体，淘汰在该位点为GG基因型的种猪个体，以逐代提尚该位点的等位基因C的频 率;优选在所述种猪核心群中选择在所述第位点为CC基因型的种猪个体，淘汰在 该位点为GC和GG基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因C的频率。

9. 根据权利要求8所述的方法，其特征在于，利用分析所述种猪的核酸序列来确定所述 种猪的如权利要求1或2所述的SNP标记，其中所述核酸序列选自如权利要求3-5中任意一项 所述的核酸序列。

10. —种确定猪的生长性状优劣的方法，所述方法包括:确定所述猪的如权利要求1或2 所述的SNP标记，并根据所述SNP标记确定所述猪的生长性状： 对于第一 SNP标记，在所述第位点为AA和GA基因型的猪的生长性状优于GG基 因型的猪的生长性状； 对于第二SNP标记，在所述第位点为TT和CT基因型的猪的生长性状优于CC基 因型的猪的生长性状； 在对于第三SNP标记，在所述第位点为AA和GA基因型的猪的生长性状优于GG 基因型的猪的生长性状； 对于第四SNP标记，在所述第位点为TT和CT基因型的猪的生长性状优于CC基 因型的猪的生长性状； 对于第五SNP标记，在所述第位点为AA和GA基因型的猪的生长性状优于GG基 因型的猪的生长性状； 对于第六SNP标记，在所述第位点为GG和GA基因型的猪的生长性状优于AA基 因型的猪的生长性状； 对于第七SNP标记，在所述第位点为TT和CT基因型的猪的生长性状优于CC基 因型的猪的生长性状； 对于第八SNP标记，在所述第位点为TT和CT基因型的猪的生长性状优于CC基 因型的猪的生长性状； 对于第九SNP标记，在所述第位点为GG和GA基因型的猪的生长性状优于AA基 因型的猪的生长性状； 对于第十SNP标记，在所述第位点为GG和GC基因型的猪的生长性状优于CC基 因型的猪的生长性状； 对于第i^一SNP标记，在所述第位点为GG和GA基因型的猪的生长性状优于AA 基因型的猪的生长性状； 对于第十二SNP标记，在所述第位点为GG和GT基因型的猪的生长性状优于TT 基因型的猪的生长性状； 对于第十三SNP标记，在所述第位点为GG和GA基因型的猪的生长性状优于AA 基因型的猪的生长性状； 对于第十四SNP标记，在所述第位点为GG和GC基因型的猪的生长性状优于CC 基因型的猪的生长性状； 所述生长性状包括猪胴体体长、猪胴体斜长、猪胴体重、猪胸背膘厚和猪颈椎总长中的 至少一种，且长的猪胴体体长优于短的猪胴体体长，长的猪胴体斜长优于短的猪胴体斜长， 重的猪胴体重优于轻的猪胴体重，薄的猪胸背膘厚优于厚的猪胸背膘厚，长的猪颈椎总长 优于短的猪颈椎总长； 优选利用分析所述猪的核酸序列来确定所述猪的如权利要求1或2所述的SNP标记，其 中所述核酸序列选自如权利要求3-5中任意一项所述的核酸序列。